Yo tuve conchas marinas en mi acuario de ciclidos africanos y nunca mancharon el agua.
No se exactamente a que te refieres con manchar el agua, pero si te refieres a agua turbia y blanquecina, deberías revisar la filtración, tampoco se que tipo tienes, pero con una buena filtración el agua debería estar clara aunque tengas conchas.
Otra cosa es el PH y el resto de los valores, debes tener en cuenta estos a la hora de introducir en el tanque los habitantes, ya que las conchas pueden causar cambios químicos en el agua agregando si no recuerdo mal carbonato cálcico, pero sobre esto estoy hablando de memoria.