Buenos días,
que filtro pusiste (y de cuantos litros es el acuario)? Quizas se queda corto.
Por otra parte, es buena idea sifonar los "restos" del sustrato.
otro dato importante, las anubias al sembrarlas, como comentas, no entierres el rizoma o se pudriran y moriran.
Suerte con el proyecto y a...