Buenas, ayudaría algún dato más y alguna foto. Litros del acuario, rutinas de mantenimiento, filtrado, decoración, parámetros del agua… para empezar se me ocurre algo que ya falla. Los guppies y neones tienen parámetros muy opuestos. Los neones son de aguas ácidas y blandas y los guppies de aguas alcalinad y duras. Esto les perjudica a largo plazo, por lo que dudo que sea directamente la causa de tu problema.
Unos niveles altos de NO3 (nitrato) o NO2 (nitrito) perjudican muy gravemente a tus peces en un plazo más corto. Si la calidad del agua es deficiente, los peces son propensos a enfermar. Deberás medir los parámetros del agua. También te recomiendo que te informes sobre los tipos de filtrado, el ciclado, la colonia bacteriana, las necesidades de cada pez.
Aunque por los datos que nos das no podemos afirmar nada, me atrevería a apostar lo que puede pasar. Pero insisto, sin ninguna certeza. Es posible que haya algún desajuste en el agua de tu acuario (por varios motivos, necesitamos más información) y tus peces han contraído alguna enfermedad vírica, bacteriana o fúnguica. A ver si con las fotos podemos identificar exactamente de qué se trata, pero es la primera vez que escucho algo así. Quizás alguna persona de este foro te ayuda a identificarlo. Cuándo sepas exactamente a qué te enfrentas, podrás seguir el tratamiento adecuado. Aunque ahora recuerdo que uno de los neones que tuvo hace tiempo perdió un ojo al poco de tenerlo, pero no recuerdo el motivo. Pero sólo perdió uno y sobrevivió (hasta pasado un tiempo que murió por otra causa). No creo que sea lo mismo.
Por el momento revisa que todo está bien en tu acuario y con los peces enfermos puedes hacer baños de sal (en este foro o en internet encontrarás cómo hacerlos) y si va a peor y aún no sabes qué enfermedad es, el Esha 2000 trata muchas enfermedades. Pero al ser genérico, mejor buscar uno específico cuándo descubras la enfermedad. Un saludo!