Y no son precisamente muy baratos, esos canutillos y sustratos para bacterias en filtros, puede haber otras razones para recomendarlos tan fervorosamente, especialmente por algunos productores y vendedores, pero tampoco es malo que los hayas metido, es como no tener nada puesto en el filtro.
Tu problema me parece que es el no tener plantas, entonces todo lo que se descompone de materia orgánica lo pueden utilizar algunas bacterias y otros microoganismos, infusorios, que se alimentan de ellas, decir que en 35 L no se pueden tener plantas es incorrecto, yo tengo en 20 y 30 L respectivamente una buena jungla de plantas, en el de 30 L uso una bombilla led de 8-9 W y 6500 K, el de 20 L tiene un tubo fluorescente "twist" de 11 W, es un modelo de los antiguos de Tetra, con unos 11-15 W y 1500 lumens tú podrías iluminar tu acuario perfectamente bien para plantas de las hambrientas de luz, sin ningun problema, esto siempre ayuda a mantener el acuario más en equilibrio que sin plantas.
Y otra cosa, limpias el suelo (sifonas)? Y el filtro (la esponja y el perlón)? Cambiar solo el agua no es suficiente.