Hola AinaMAPP!
Intento responderte desde lo que yo se, que no quiere decir que sea lo cierto.
El CO2 no les sienta bien ni mal a los peces siempre y cuando no sobrepase una concentración determinada, si se supera es concentración es cuando podemos tener problemas porque se convierte en tóxico. Un parámetro importante que modificamos con el CO2 es el kH y pH por lo que el CO2 produce modificaciones en la química del agua que pueden afectar a los animales y plantas de manera no deseada.
Para las plantas es necesario el CO2 pero no siempre lo es un sistema como este, me explico, en el agua hay CO2 que excretan nuestros animales al respirar y por el propio intercambio gaseoso entre el agua y el aire. Lo que ocurre es que muchas veces esta cantidad de CO2 es insuficiente para que las plantas crezcan como queremos o estén en su máximo esplendor y por ello se adita CO2 al sistema. Como supongo que sabrás las plantas utilizan el CO2 y la luz para realizar la fotosíntesis y por ello con una buena iluminación y una cantidad de CO2 correcta van a estar en su salsa.
En cuanto a "descontrolar la entrada de CO2" desde luego es poco recomendable, por ello se pone algún sistema para saber la cantidad de este gas que estamos aportando a nuestro acuario por unidad de tiempo. Por ejemplo un contador de burbujas con un cuenta gotas de estos de los goteros de los enfermos o un manómetro. Con ello dejaremos fluir mayor o menor cantidad de gas controlando siempre variaciones en los parámetros del acuario, como son kH y pH.
Hay que tener en cuenta que a la concentración de CO2 en el agua le va a afectar la temperatura, iluminación, cantidad y especies de plantas y animales y un largo etcétera, como ocurre con cualquier otro parámetro, por lo que siempre hay que llevar un control de los parámetros para evitar que el sistema quiebre por algún sitio.
Espero haberte aclarado algo, un saludo!